Infodoc : Sciences, Techniques et Culture

Les travaux de cette thèse portent sur la comparaison d'outils moléculaires pour estimer la diversité génétique intra-population et la différenciation génétique entre populations sur un même échantillonnage de populations. Nous avons pour cela utilisé une approche par bibliographie (analyse des résultats d'articles comparant deux ou plusieurs types de marqueurs sur un ensemble de populations), une approche par simulation (modélisation d'un génome dans lequel on échantillonnne des marqueurs AFLP et de type microsatellite) et une approche expérimentale (estimation de la diversité et de la différentiation à l'aide de marqueurs AFLP et de microsatellites sur des populations de chênes sessile et pédonculé et de pin maritime de provenance corse). L'étude bibliographique révèle que les marqu[...]

Les travaux de cette thèse portent sur la comparaison d'outils moléculaires pour estimer la diversité génétique intra-population et la différenciation génétique entre populations sur un même échantillonnage de populations. Nous avons pour cela utilisé une approche par bibliographie (analyse des résultats d'articles comparant deux ou plusieurs types de marqueurs sur un ensemble de populations), une approche par simulation (modélisation d'un génome dans lequel on échantillonnne des marqueurs AFLP et de type microsatellite) et une approche expérimentale (estimation de la diversité et de la différentiation à l'aide de marqueurs AFLP et de microsatellites sur des populations de chênes sessile et pédonculé et de pin maritime de provenance corse). L'étude bibliographique révèle que les marqueurs moléculaires sont généralement comparables dans la mesure de la différenciation entre populations. En revanche, les estimations de diversité intra-population par deux marqueurs ne sont que très rarement à la fois positivement et significativement corrélées. Nos résultats expérimentaux montrent que microsatellites et marqueur AFLP s'accordent à distinguer le chêne sessile ainsi que le pin maritime de provenance landaise pour leur niveau de diversité plus élevée, mais nous n'avons pas non plus trouvé de corrélation entre les estimations de diversité à l'intérieur des espèces ou des provenances. Nous avons cherché à expliquer cette absence générale de corrélation entre mesures de diversité par deux marqueurs différents par voie de simulation.
La première hypothèse que nous avons émise pour expliquer ce résultat est qu'un faible nombre de locus est généralement utilisé dans des études comparatives. Ce faible nombre de locus ne représenterait pas l 'hétérogénéité du génome pour la diversité, d' où l'absence de corrélation entre les estimations de diversité. Nous montrons effectivement que la taille d'échantillonnnage influe sue les corrélations mesurées (corrélation entre génome et marqueur et corrélation entre deux types de marqueurs).Les résultats de simulation montrent également que l'augmentation du nombre de locus est particulièrement nécessaire lorsque l'hétérogénéité du génome est forte. Cependant, si les les populations ne sont pas à l'équilibre génétique et/ou si elles ne sont pas différenciées, les corrélations entre marqueurs sont également faibles; Ainsi pour les espèces forestières telle que chêne et pin maritime, qui montrent une très faible différenciation entre populations pour la diversité neutre, aucun classement de diversité des populations n'a pu être mis en évidence expérimentalement avec des marqueurs neutres et les corrélations entre marqueurs se révèlent faibles.