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Le phytoplancton est un élément biologique clef pour la biosurveillance des plans d’eau, de par son rôle dans leur fonctionnement ainsi que sa réponse rapide face aux pressions environnementales d’origine humaine. En France, un indice biotique, Indice Phytoplancton Lacustre (IPLAC), permettant d’évaluer la qualité écologique des plans d’eau a été développé, se basant sur l’identification et le comptage en microscopie optique des espèces composant le phytoplancton. Alors que cette approche présente certains inconvénients comme la difficulté d’identification d’espèces trop petites ou cryptiques, l’approche métabarcoding ADNe permet d’éviter ces écueils et présente donc un intérêt pour la biosurveillance. Dans ce contexte, le projet PhytoDOM a permis le développement d‘indices biotiques [...]

Le phytoplancton est un élément biologique clef pour la biosurveillance des plans d’eau, de par son rôle dans leur fonctionnement ainsi que sa réponse rapide face aux pressions environnementales d’origine humaine. En France, un indice biotique, Indice Phytoplancton Lacustre (IPLAC), permettant d’évaluer la qualité écologique des plans d’eau a été développé, se basant sur l’identification et le comptage en microscopie optique des espèces composant le phytoplancton. Alors que cette approche présente certains inconvénients comme la difficulté d’identification d’espèces trop petites ou cryptiques, l’approche métabarcoding ADNe permet d’éviter ces écueils et présente donc un intérêt pour la biosurveillance. Dans ce contexte, le projet PhytoDOM a permis le développement d‘indices biotiques utilisant le séquençage ADNe métabarcoding du phytoplancton. Les premières étapes ont été dédiées à l’élaboration de protocoles pour l’échantillonnage, la préparation pour le séquençage (extraction et amplification PCR d’ADN) et l’analyse des données (pipeline bioinformatique). Les données produites ont montré que l’utilisation des espèces identifiées par métabarcoding pour le calcul de la métrique MCS (Métrique de composition spécifique) de l’IPLAC (version 1) n’est pas concluante. Une métrique taxonomy free (MCA pour métrique de composition d’amplicon) et un indice de topologie des réseaux écologiques (MCT pour métriques de composition topologique) ont donc été développés et testés sur 599 échantillons de 186 lacs métropolitains et ont montré une capacité de prédiction des niveaux en phosphore (en lien avec des perturbations anthropiques) significative.