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Malgré les efforts substantiels menés pour prévenir les infections alimentaires, de nouvelles salmonelles multi-résistantes aux antibiotiques émergent toutes les décennies et parfois se disséminent à l’échelle mondiale. Au cours de ce travail, nous avons pu identifier l’émergence d’un clone de S. Kentucky ST198 multi-résistant aux antibiotiques puis sa dissémination mondiale en quelques années. Cette souche a successivement accumulé une variété de gènes de résistance chromosomiques depuis la moitié des années 1990 du fait de l’intégration de Salmonella genomic island 1 (SGI1), un îlot génomique de 43 kilobases découvert chez Typhimurium DT104, rendant la souche résistante à plusieurs antibiotiques (amoxicilline, gentamicine, et les sulfonamides). Ensuite, elle a accumulé des mutations[...]

Malgré les efforts substantiels menés pour prévenir les infections alimentaires, de nouvelles salmonelles multi-résistantes aux antibiotiques émergent toutes les décennies et parfois se disséminent à l’échelle mondiale. Au cours de ce travail, nous avons pu identifier l’émergence d’un clone de S. Kentucky ST198 multi-résistant aux antibiotiques puis sa dissémination mondiale en quelques années. Cette souche a successivement accumulé une variété de gènes de résistance chromosomiques depuis la moitié des années 1990 du fait de l’intégration de Salmonella genomic island 1 (SGI1), un îlot génomique de 43 kilobases découvert chez Typhimurium DT104, rendant la souche résistante à plusieurs antibiotiques (amoxicilline, gentamicine, et les sulfonamides). Ensuite, elle a accumulé des mutations dans les gènes gyrA et parC conférant la résistance à l’acide nalidixique puis à la ciprofloxacine en 2002. Depuis, un nombre croissant de ces souches a été isolé lors de salmonelloses en lien avec des voyages en Egypte puis à dans toute l’Afrique, au Moyen Orient, au sous continent indien, en Asie du Sud-Est et en Europe. Une collaboration internationale a révélé que cette souche a été retrouvée dans des réservoirs variés, en filière aviaire (initialement poulets puis principalement dindes en Pologne, en Allemagne et en France), alimentaires et animales (épices aux US et en France, reptiles). Enfin, des souches résistantes à la ciprofloxacine d’importation (bassin méditerranéen) productrices de carbapénemases et/ou de cephamycinase et/ou de β-lactamases à spectre étendu ont été isolées depuis 2009. L’analyse phylogénomique de 150 souches représentatives de S. Kentucky ST198 confirme le caractère très homogène de cette population et sa dissémination mondiale. Cette souche est originaire d’Egypte dans les années 90, période d’acquisition du SGI1 et de son expansion clonale (du fait de la résistance aux antibiotiques de 1ère intention) puis a acquis localement une résistance aux quinolones par substitutions chromosomiques (en gyrA-83 et parC-80 puis gyrA-87) et a disséminé dans différentes régions à plusieurs reprises. Plusieurs acquisitions plasmidiques ont été ensuite possibles au décours de sa dissémination mondiale. SGI1 présente une structure génétique très dynamique du fait de l’acquisition de différentes séquences d’insertion (ISVch4, ISSen5, IS26) qui génèrent des réarrangements génétiques et expliquent ainsi la grande variabilité des profils de résistance aux antibiotiques et des profils en macrorestriction ADN au sein de clone. Tous ces résultats permettent une meilleure compréhension de l’émergence de cette souche de S. Kentucky où la résistance aux antibiotiques demeure certainement son principal moteur évolutif. En conclusion, l’expérience de S. enterica serotype Typhimurium DT104 a démontré la capacité de l’émergence rapide d’un clone épidémique multi-résistant aux antibiotiques à l’échelle internationale. L’identification récente et rapide de ce clone S. Kentucky ST198 multi-résistant aux antibiotiques nécessite de prendre des mesures de contrôle transversales (humains et agroalimentaires) à l’échelle nationale et internationale afin de limiter sa dissémination.