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La connaissance des processus de diversification des formes cultivées et de leurs apparentés sauvages, est un préalable nécessaire aux programmes d'amélioration variétale d'une espèce. Cette diversité, suivant un modèle d'évolution darwinien, reçoit une représentation cohérente sous forme d'une structure arborée. Le niveau de diversité infra-spécifique et la nature des marqueurs utilisés, moléculaires essentiellement, imposent le recours à des méthodes phénétiques pour construire ces arbres. Ce travail s'intéresse aux divers aspects des méthodes de construction arborée à partir de mesures de dissimilarité. Ces méthodes étant fortement sensibles à des perturbations de données, les thèmes fiabilité et stabilité servent de fil conducteur aux divers développements.
Le premier domaine ab[...]

La connaissance des processus de diversification des formes cultivées et de leurs apparentés sauvages, est un préalable nécessaire aux programmes d'amélioration variétale d'une espèce. Cette diversité, suivant un modèle d'évolution darwinien, reçoit une représentation cohérente sous forme d'une structure arborée. Le niveau de diversité infra-spécifique et la nature des marqueurs utilisés, moléculaires essentiellement, imposent le recours à des méthodes phénétiques pour construire ces arbres. Ce travail s'intéresse aux divers aspects des méthodes de construction arborée à partir de mesures de dissimilarité. Ces méthodes étant fortement sensibles à des perturbations de données, les thèmes fiabilité et stabilité servent de fil conducteur aux divers développements.
Le premier domaine abordé est celui du choix d'une dissimilarité biologiquement pertinente et mathématiquement efficace. On rappelle que l'on peut définir, dans l'ensemble des dissimilarités, des inclusions de sous-ensembles dérivant d'une forme générale par ajout de contraintes, en particulier, des contraintes de représentabilité [...]

Le deuxième domaine traité est celui des méthodes heuristiques de construction arborée. Les principes sont rappelés et leurs propriétés, en particulier face au problème de stabilité, sont précisées [...]

On s'intéresse ensuite à la construction d'arbres consensus, résumant les structures communes à plusieurs arbres définis sur les mêmes éléments.Ce problème est commun à diverses applications: synthèse de plusieurs types de marqueurs, validation par rééchantillonnage des variables, étude des éléments influents. [...]
Les bases nécessaires étant établies, on revient enfin sur les transformations des dissimilarités. [...] Les méthodes évoquées ont fait l'objet d'un développement informatique et sont mises à la disposition des utilisateurs au travers d'un logiciel pour micro-ordinateur.