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L'organisation de la diversité génétique des espèces est déterminée par l'interaction entre plusieurs forces évolutives, notamment la mutation, la sélection, la migration et la dérive. Leur effet respectif est en particulier influencé par les caractéristiques écologiques des espèces étudiées, par le mode de transmission de leurs génomes mais aussi par des facteurs historiques. Pour comprendre le rôle de ces différents facteurs les approches comparatives prenant en compte les relations phylogénétiques entre espèces constituent un outil de choix. En s'appuyant sur de telles méthodes nous avons étudié l'évolution du génome des organelles en la mettant en relation avec des caractéristiques des espèces végétales étudiées. De multiples inter-actions ont put être démontrées et interprétées à[...]

L'organisation de la diversité génétique des espèces est déterminée par l'interaction entre plusieurs forces évolutives, notamment la mutation, la sélection, la migration et la dérive. Leur effet respectif est en particulier influencé par les caractéristiques écologiques des espèces étudiées, par le mode de transmission de leurs génomes mais aussi par des facteurs historiques. Pour comprendre le rôle de ces différents facteurs les approches comparatives prenant en compte les relations phylogénétiques entre espèces constituent un outil de choix. En s'appuyant sur de telles méthodes nous avons étudié l'évolution du génome des organelles en la mettant en relation avec des caractéristiques des espèces végétales étudiées. De multiples inter-actions ont put être démontrées et interprétées à la lumière du modèle d'évolution quasi-neutre (near neutral theory). Puis nous avons compilé toutes les études de la répartition de la diversité génétique basées sur des marqueurs transmis uniparentalement (chloroplastiques et mitochondriaux) et biparentalement (nucléaires) chez les plantes. Ces données nous ont permis de ré-estimer l'influence du mode de transmission du génome et des traits d'histoire de vie sur la structure génétique des espèces (estimé par le FST). Finalement, nous avons réalisé une étude de la répartition de la diversité au sein d'un complexe d'espèces tropicales d'Amérique du Sud : Carapa procera/guianensis. Ces espèces, difficilement différentiables morphologiquement, ont pu être étudiées individuellement grâce à une étape préalable de caractérisation moléculaire et d'assignation, permettant alors une estimation de leur structuration génétique.