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Dans un objectif d’acquisition des connaissances sur l’écologie des félins de Guyane, l'OFB mène depuis 2014 des suivis scientifiques sur les félins du Centre Spatiale Guyanais et travaille depuis 2022 en collaboration avec l’INRAE sur un projet nommé FELiPS. Ce projet vise à acquérir des connaissances sur l’ensemble du territoire guyanais par l’approche moléculaire. Pour atteindre ces objectifs, il est nécessaire de développer une méthode efficace pour le génotypage des fèces. La présente étude a pour but de (1) réaliser une mesure de l'efficacité du génotypage des 11 microsatellites par séquençage Sanger, en regardant ses succès pour obtenir des génotypes consensus et la discrimination génétique entre les trois espèces (jaguar, puma, ocelot); (2) contribuer au développement d’une mé[...]

Dans un objectif d’acquisition des connaissances sur l’écologie des félins de Guyane, l'OFB mène depuis 2014 des suivis scientifiques sur les félins du Centre Spatiale Guyanais et travaille depuis 2022 en collaboration avec l’INRAE sur un projet nommé FELiPS. Ce projet vise à acquérir des connaissances sur l’ensemble du territoire guyanais par l’approche moléculaire. Pour atteindre ces objectifs, il est nécessaire de développer une méthode efficace pour le génotypage des fèces. La présente étude a pour but de (1) réaliser une mesure de l'efficacité du génotypage des 11 microsatellites par séquençage Sanger, en regardant ses succès pour obtenir des génotypes consensus et la discrimination génétique entre les trois espèces (jaguar, puma, ocelot); (2) contribuer au développement d’une méthode de SSR-seq avec 60 microsatellites, en évaluant l’efficacité de quatre kits pour l’extraction d’ADN fécaux et la conception du design d’une plaque expérimentale, afin de (3) comparer ces deux méthodes moléculaires. Les résultats de cette étude montre que (1) le séquençage Sanger apporte un bon taux de réussite aux amplifications et aux génotypages, ainsi qu’une discrimination correcte entre les trois espèces de félins et une bonne identification des individus; (2) le design expérimental pour le SSR-seq ne reflète pas de façon exhaustive la complexité génétique de l’ensemble des génotypes; (3) la compréhension de cette complexité génique pourrait être optimisée par une possible distinction génétique entre l’ocelot et le chat margay. Une analyse de cette complexité génétique pourrait être améliorée par deux kits d'extractions d’ADN plus performants que le kit utilisé actuellement. Cette approche moléculaire par SSR-seq, par les nombreuses connaissances apportées sur l’écologie et le comportement des félins, devrait permettre de mieux identifier les conflits humains-félins au sein du paysage guyanais et ainsi fournir des informations essentielles à l’amélioration de la gestion et la conservation de ces espèces.

In the aim of acquiring knowledge on ecology of Guiana’s felines, the OFB has been undertaking since2014 scientific monitorings on the felines of the Guiana’s spacial center and has been collaboratively working since 2022 with INRAE on a project named FELiP, which aims to acquire knowledge on the whole Guiana’sterritory by molecular system. To achieve this goal, it is necessary to develop an efficient method on faeces’s genotyping. This submitted study aims at (1) performing a measurement on the efficiency of the 11microsatellites’ genotyping by Sanger sequencing, by checking out its successes to obtain consensus genotypesand the genetic discrimination between the three species (jaguar, mountain lion, ocelot) ; (2) contributing to thedevelopment of a SSR-seq method with 60 microsatellites, by estimating four kits’ efficiency for fecal DNA’sextraction and the design’s engineering of an experimental plate, in order to (3) compare those three molecular methods. This study’s results show that (1) Sanger sequencing provides a hight success rate to the amplifications and genotyping, as well as a correct discrimination between the four feline’s species and a good specimen’s recognition ; (2) the experimental design of the SSR-seq doesn’t express in a exhaustive way thegenetic complexity of the whole genotypes; (3) the understanding of this genetic complexity could be improvedby a possible genetic distinction between the ocelot and the margay cat. An analysis of this genetic complexity could be improved with two extraction DNA kits more effective than the actual kit used recently. This molecular approach by SSR-seq, by its numerous knolwedge acquired on ecology and feline’s behaviours, should permitto better identify human-feline conflicts in the midst of the Guiana’s territory and thus provide crucial information to improve those species’s managing and conservation.