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L’agent R. solanacearum est une bactérie pathogène du sol qui cause la maladie du flétrissement bactérien. La diversité de l’espèce R. solanacearum est grande et très plastique. On regroupe les souches à caractéristiques génétiques semblables dans des catégories appelées phylotype, elle-même subdivisées en séquévar. En Guyane, les dégâts causés par l’agent R. solanacearum sont d’autant plus graves que le climat, chaud, pluvieux et humide est propice au développement et à la propagation de la bactérie. Le problème récurrent du flétrissement bactérien semble être l’obstacle majeur à l’essor de ces cultures en plein champ. Ainsi, l’un des objectifs du stage est de diagnostiquer le danger inhérent aux pratiques agricoles des exploitants cultivant des tomates, aubergines ou poivrons (TAP).[...]

L’agent R. solanacearum est une bactérie pathogène du sol qui cause la maladie du flétrissement bactérien. La diversité de l’espèce R. solanacearum est grande et très plastique. On regroupe les souches à caractéristiques génétiques semblables dans des catégories appelées phylotype, elle-même subdivisées en séquévar. En Guyane, les dégâts causés par l’agent R. solanacearum sont d’autant plus graves que le climat, chaud, pluvieux et humide est propice au développement et à la propagation de la bactérie. Le problème récurrent du flétrissement bactérien semble être l’obstacle majeur à l’essor de ces cultures en plein champ. Ainsi, l’un des objectifs du stage est de diagnostiquer le danger inhérent aux pratiques agricoles des exploitants cultivant des tomates, aubergines ou poivrons (TAP). D’autre part, on cherche à approfondir les connaissances génétiques sur la population de l’agent R. solanacearum de Guyane. En effet, cela renseignera notamment sur le degré d’importance de l’implantation des souches de phylotype IIB séquévar 4NPB en Guyane. Enfin, le dernier volet du stage consiste en deux essais : l’un pour tester les effets de la méthode de solarisation du sol comme moyen de limitation de l’incidence de la maladie, l’autre consiste en un criblage variétal. La sensibilité de plusieurs variétés est testée face moyen de l’inoculation artificielle de 3 souches de l’agent R. solanacearum de phylotypes différents. On choisit de questionner un échantillon réduit d’agriculteurs de TAP répartis dans les 3 bassins maraichers les plus importants du littoral guyanais. Cette étape permet de récupérer les données sur les pratiques agricoles. En parallèles le travail d’échantillonnage de souches est mené. On cherche à collecter une dizaine de souches par exploitation pour les trois espèces dans chaque bassin maraicher. La typologie des groupes d’agriculteurs est réalisée grâce au classement des itinéraires techniques selon l’évaluation du danger que représentent certaines pratiques culturales. Le phylotypage permet de connaître les différents séquévars et phylotypes retrouvés en Guyane. Enfin, les expériences de criblage variétal et de solarisation sont mises en place en prenant en compte les contraintes de terrain. Des variables comme le taux de flétrissement, sont relevées afin de pouvoir interpréter l’impact des différents traitements des essais. Grâce au phylotypage des souches on sait maintenant que le séquévar émergent, très agressif, est bien implanté en Guyane. L’étude a renseigné également sur la distribution géographique des autres phylotypes et a confirmé l’impact des précédents culturaux sur la nature génétique de la population de l’agent R. solanacearum présente sur les cultures. L’expérience de criblage variétal permet d’identifier certaines variétés comme plus résistantes que d’autres. Cependant, il est impératif de répéter l’expérience pour confirmer ces résultats. L’expérience de solarisation montre que la pose de plastique sur le sol même non traité anti?uv permet une hausse significative des températures du sol. Néanmoins, on ne sait toujours pas si cela suffira pour diminuer l’incidence de la maladie. En effet, l’expérience est toujours en cours. Enfin, la typologie des itinéraires techniques répartit les exploitations dans 5 groupes du plus risqué aux moins risqué. Près de la moitié des agriculteurs de l’échantillon se situe dans les 2 catégories les plus risquées. Le travail de typologie peut être amélioré en y ajoutant notamment des variables environnementales. Ce travail compile des données qui trouveront une autre utilité dans la mise en place future du plan de réduction d’utilisation des hytosanitaires en Guyane (ecophyto 2018).

R. solanacearum is a soil born pathogen that causes bacterial wilt disease. The genetic diversity of the R. solanacearum species complex is broad and very plastic. Strains that show similar genetic characteristics similar are gathered in categories called phylotype, themselves subdivided into sequevars. In French Guiana, the damages caused by R. solanacearum are even more serious as the hot humid and rainy climate is an enhancer to the multiplication and spreading of the bacteria. The problem of bacterial wilt appears to be the major obstacle to the development of solanaceae field crops in French Guiana. Thus, one of the objectives of the study is to diagnose the risk in agricultural practices of farmers growing tomatoes, eggplants or peppers (TEP). Another goal is to deepen knowledge on the genetic population of R. solanacearum in order to be able to characterize the importance of strains of phylotype IIB sequevar 4NPB in French Guiana. At last, the study includes realizing two assays. The first one will test the effects of soil solarization method as a mean of limiting the aggressiveness of the disease. The other one is a cultivar screening test. The sensibility of several cultivars is tested by artificial inoculation of three strains of R. solanacearum of different phylotypes. It has been decided to investigate a small sample of farmers growing either tomatoes, eggplants or peppers. The area of study is limited to the coastal area and focused on its 3 mains vegetable growing areas. Thanks to this step, data on agricultural practices were collected. At the same time, sampling of strains was leaded. We aimed to collect a dozen of strains in each farm sampled for the three species in each of the three vegetable growing areas. The typology of farms is achieved through the classification according to the assessment of the crop management system risk. Thanks to phylotyping, we have been able to know the different sequevars and phylotypes spread in French Guiana. Finally, the assays of cultivar screening and solarization are established taking into account the practical constraints. Variables such as the wilting rate are calculated in order to discuss the impact of the different treatment from each trial. Thanks to strains phylotyping we now know that the very aggressive emerging sequevar is well established in French Guiana. The study also provided information on the geographic distribution of phylotypes and confirmed the impact of preceding crops on the genetic characterization of R. solanacearum population found on host crops. The cultivar screening trial indicates some varieties as more resistant than others. However, it is a necessity to repeat the experiment to confirm these results. The solarization experiment shows that plastic laid on the ground even if it’s not anti-UV provides a significant increase in soil temperatures. However, it remains unclear whether this will be enough to reduce the incidence of the disease. Indeed, the experiment is still ongoing. Finally, the typology of crop management practices clustered farms into 5 groups from the more risky to the less risky. Almost half of farmers of the sample are included in the two riskiest categories. The typology can be improved by taking into account other variables such as environmental ones. This work compiles data that will find another use in the future implementation of the plan (ecophyto 2018) that aims to reduce use of pesticides in French Guiana.