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![Intérêt et optimisation de la sélection génomique chez la truite arc-en-ciel](https://infodoc.agroparistech.fr/img_cache/pmb_agroparistech_record_206198.webp)
Titre : |
Intérêt et optimisation de la sélection génomique chez la truite arc-en-ciel
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Auteur(s) : | Jonathan D'Ambrosio, Auteur |
Type de document : | Thèse |
Sujets : | Truite arc-en-ciel -- Génétique -- Thèses et écrits académiques ; Aquaculture ; Génomique -- Thèses et écrits académiques |
Résumé : |
Les programmes de sélection trutticoles français utilisent depuis 2004 une sélection généalogique avec des pedigrees établis par marquage moléculaire et des performances mesurées sur un à deux milliers de collatéraux des candidats à la sélection. La sélection génomique (SG) s’impose comme une évolution évidente si elle peut être mise en œuvre de manière techniquement et économiquement efficace. Un premier outil de génotypage à moyenne densité (MD) incluant 57000 marqueurs étant disponible depuis 2015, l’objet de la thèse était d’évaluer l’intérêt de la SG pour trois lignées françaises de truite arc-en-ciel. Un préalable était d’évaluer si la densité de la puce MD était suffisante pour que le déséquilibre de liaison entre marqueurs successifs permette une SG efficace au regard de la d[...]
Les programmes de sélection trutticoles français utilisent depuis 2004 une sélection généalogique avec des pedigrees établis par marquage moléculaire et des performances mesurées sur un à deux milliers de collatéraux des candidats à la sélection. La sélection génomique (SG) s’impose comme une évolution évidente si elle peut être mise en œuvre de manière techniquement et économiquement efficace. Un premier outil de génotypage à moyenne densité (MD) incluant 57000 marqueurs étant disponible depuis 2015, l’objet de la thèse était d’évaluer l’intérêt de la SG pour trois lignées françaises de truite arc-en-ciel. Un préalable était d’évaluer si la densité de la puce MD était suffisante pour que le déséquilibre de liaison entre marqueurs successifs permette une SG efficace au regard de la diversité génétique des lignées françaises. Les tailles efficaces des lignées ont été estimées à des valeurs de 50 à 70 et le déséquilibre de liaison entre marqueurs successifs à des valeurs (r²~0,30) compatibles avec une bonne efficacité de la SG. Ces résultats ont été confirmés par des études de validation croisée de la précision de la SG pour divers caractères de reproduction, résistance à la nécrose pancréatique infectieuse (NPI), croissance, rendement de découpe et qualité de la chair. Avec des héritabilités estimées limitées (NPI) à fortes (poids éviscéré et étêté), tous ces caractères sont très polygéniques : peu de régions génomiques expliquent plus de 1% de la variance génétique et aucune région à effet majeur (> 10% de la variance) n’a été identifiée. Les résultats obtenus permettent de conclure à une précision de la SG supérieure de 10 à 37% (selon les caractères étudiés) par rapport à la sélection basée sur le pedigree. Ils ouvrent des pistes pour l’optimisation économique de l’investissement en SG par utilisation de puces à plus basse densité permettant d’obtenir une précision de la SG proche de celle obtenue en MD (perte d’efficacité
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Editeur(s) : | Paris [France] : AgroParisTech |
Date de publication : | 2020 |
Format : | 1 vol. (232 p.) / Ill. en coul. graph. |
Note(s) : |
Références bibliogr.
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Langue(s) : | Français |
Lien vers la notice : | https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=206198 |
Exemplaires
Localisation | Emplacement | Pôle | Section | Cote | Support | Disponibilité |
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aucun exemplaire |