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Dickeya spp. sont des bactéries phytopathogènes responsables de la pourriture molle chez plusieurs plantes d'importance agronomique. En Europe, elles sont considérées comme des phytopathogènes émergents qui causent d'importants dégâts dans les cultures.
Une infection efficace de la plante requière l'expression séquentielle et spatiotemporelle de nombreux facteurs de virulence, qui sont très finement régulés. Actuellement, le rôle des ARN régulateurs (ARNnc) dans le contrôle de la virulence Dickeya reste largement inconnu. La mise en évidence d'une telle régulation a été l'objectif principal de ce stage.
Chez Dickeya dadantii, nous avons montré que la protéine chaperon de ARNnc (Hfq) était impliquée dans la virulence. Puis, à partir des données de séquençage haut débit (RNA-seq), u[...]

Dickeya spp. sont des bactéries phytopathogènes responsables de la pourriture molle chez plusieurs plantes d'importance agronomique. En Europe, elles sont considérées comme des phytopathogènes émergents qui causent d'importants dégâts dans les cultures.
Une infection efficace de la plante requière l'expression séquentielle et spatiotemporelle de nombreux facteurs de virulence, qui sont très finement régulés. Actuellement, le rôle des ARN régulateurs (ARNnc) dans le contrôle de la virulence Dickeya reste largement inconnu. La mise en évidence d'une telle régulation a été l'objectif principal de ce stage.
Chez Dickeya dadantii, nous avons montré que la protéine chaperon de ARNnc (Hfq) était impliquée dans la virulence. Puis, à partir des données de séquençage haut débit (RNA-seq), une pipeline bio-informatique a été construit pour établit un répertoire des sites d'initiation de la transcription (TSS) correspondant à des ARNnc potentiels. La présence de TSS en antisens ou à proximité des gènes de virulence a été mise en évidence. Enfin,; une diminution de la virulence de D. dadantii a été mesurée lors de la surexposition de deux ARNnc potentiels.
Ainsi, des ARNnc semblent impliqués dans la virulence de D. dadantii. Leur fonction et leur positionnent dans le réseau de régulation de la virulence restent à déterminer.

Dickeya spp. are Gram-negative bacteria that cause soft-rot disease in a wide range of plant species. They are pectinolytic bacteria. Recently, increase in the damage caused by Dickeya was observed in potato crops in Europe, and these bacteria were classified as an emergent pathogen in these temperate countries.
Dickeya pathogenicity is clearly a multifactorial process, and the success of infection by thse bacteria requires a temporal and spacial coordination of virulence gene expression. Until now, only little is known about the impact of the regulatory RNA (ncRNA) on the virulence of Dickeya. Thus, the first aim of this internship was to study this impact.
In Dickeya dadantii, we showed the Hfq, the RNA chaperone protein, is involved in the virulence. Then, starting from high throughput sequencing data, we elaborated a bioinformatics pipeline in order to detect transcription start sites (TSS) related to ncRNA. The presence of TSS in the opposite DNA strand of or close to virulence genes was identified. Finally, the virulence of D. dadantii was shown diminshed when two potentials ncRNA were overexpressed.
Therefore, we suspected that at least two ncRNAs were involved in D. dadantii virulence even in their position in the regulatory network is still unknown.