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| Titre : |
From environmental DNA sequences to ecological conclusions: How strong is the influence of methodological choices?
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| Auteur(s) : |
Irène Calderon-Sanou, Auteur (et co-auteur)
Wilfried Thuiller, Responsable de stage Stéphane Traissac, Directeur de mémoire |
| Type de document : | Mémoire |
| Filière : | M. : EFT -- Ecologie des Forêts Tropicales |
| Sujets : | ADN ; Environnement ; Biodiversité |
| Résumé : |
Les données issues de l'ADN environnemental sont de plus en plus utilisées pour étudier la biodiversité et tester des hypothèses écologiques depuis longtemps étudiées. Cependant, la fiabilité des résultats obtenus par l'analyse d'ADN environnemental est remise en question car elle dépend de choix arbitraires faits tout au long du processus de pré-traitement bioinformatique. Nous avons donc cherché à quantifier l'impact de ces choix sur différentes questions écologiques et leurs mesures associées. Nous avons utilisé de l'ADN de sol obtenu à partir d'une méta-communauté végétale échantillonnée le long d'un gradient d'altitude dans les Alpes françaises. Nous avons testé l'effet de sept étapes de pré-traitement bioinformatique sur deux types de questions écologiques : 1) une analyse de pa[...]
Les données issues de l'ADN environnemental sont de plus en plus utilisées pour étudier la biodiversité et tester des hypothèses écologiques depuis longtemps étudiées. Cependant, la fiabilité des résultats obtenus par l'analyse d'ADN environnemental est remise en question car elle dépend de choix arbitraires faits tout au long du processus de pré-traitement bioinformatique. Nous avons donc cherché à quantifier l'impact de ces choix sur différentes questions écologiques et leurs mesures associées. Nous avons utilisé de l'ADN de sol obtenu à partir d'une méta-communauté végétale échantillonnée le long d'un gradient d'altitude dans les Alpes françaises. Nous avons testé l'effet de sept étapes de pré-traitement bioinformatique sur deux types de questions écologiques : 1) une analyse de partitionnement de diversité(diversités gamma, alpha et beta)et 2)une analyse spatiale(relation diversité-environnement) utilisant les nombres de collines. Nous avons démontré que les analyses écologiques étaient plus ou moins sensibles aux choix méthodologiques et que l'utilisation de la diversité de Shannon conduisait à des résultats plus fiables. De plus, nous avons démontré que le regroupement des unités taxonomiques opérationnelles(MOTUs), l'élimination des erreurs de PCR et l'élimination des contaminations inter-échantillons ont une influence majeure sur les résultats des analyses écologiques, et doivent donc être pris en compte lors de la conception du processus de pré-traitement bioinformatique.
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| Editeur(s) : | Montpellier [France] : AgroParisTech ; Montpellier : Université de Montpellier |
| Date de publication : | 2018 |
| Format : | 1 vol. (42 p.) |
| Note(s) : |
Stage de fin d'étude pour l'obtention du Master 2 Biologie, écologie, évolution (Parcours Biodiversité végétale et Gestion des Ecosystèmes Tropicaux - BIOGET)
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| Langue(s) : | Anglais |
| Organisme d'accueil : | LECA (LAboratoire d'Ecologie Alpine) - (Grenoble)/Université Grenoble Alpes (Grenoble) |
| Lien vers la notice : | https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=197035 |
Exemplaires (2)
| Localisation | Emplacement | Pôle | Section | Cote | Support | Disponibilité |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Kourou | Bibliothèque | AgroParisTech-Kourou | - | Numérique | Consultable sous conditions Disponible | |
| Montpellier | Serveur | Forêt | E-18 BGT CAL | Numérique | Consultable sous conditions Disponible |
Documents numériques (1)
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