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Les ressources génétiques du maïs de Maïsadour Semences ont été étudiées via la notion de blocs d’haplotypes. Un bloc est un groupe de SNPs considérés simultanément. Plusieurs méthodes permettant de rassembler les marqueurs en blocs ont été recensées dans la littérature. Pour Gabriel et al. (2002) un bloc est une région en fort déséquilibre de liaison. Selon Wang et al. (2002) il s’agit d’un ensemble de marqueurs qui n’ont pas recombiné dans le passé. Zhang et al. (2002) définissent un bloc comme une région qui présente peu de diversité haplotypique. Anderson et al. (2004) proposent de se baser simultanément sur le déséquilibre de liaison et la diversité pour réunir les marqueurs en blocs. Les blocs d’haplotypes, selon ces quatre définitions, ont été identifiés sur le génome du maïs a[...]

Les ressources génétiques du maïs de Maïsadour Semences ont été étudiées via la notion de blocs d’haplotypes. Un bloc est un groupe de SNPs considérés simultanément. Plusieurs méthodes permettant de rassembler les marqueurs en blocs ont été recensées dans la littérature. Pour Gabriel et al. (2002) un bloc est une région en fort déséquilibre de liaison. Selon Wang et al. (2002) il s’agit d’un ensemble de marqueurs qui n’ont pas recombiné dans le passé. Zhang et al. (2002) définissent un bloc comme une région qui présente peu de diversité haplotypique. Anderson et al. (2004) proposent de se baser simultanément sur le déséquilibre de liaison et la diversité pour réunir les marqueurs en blocs. Les blocs d’haplotypes, selon ces quatre définitions, ont été identifiés sur le génome du maïs avec un set de 1217 SNPs et un panel de 998 lignées représentatives des ressources génétiques de Maïsadour Semences (panel Maïsadour). Peu de blocs ont été identifiés avec les méthodes de Gabriel et Wang, la densité de marquage étant faible, les SNPs sont peu liés. De nombreux blocs ont été détectés avec les méthodes de Zhang et Anderson. Les blocs observés avec la méthode de Zhang et la valeur du paramètre α = 2% sont relativement longs. Les blocs d’haplotypes identifiés avec les méthodes de Zhang, Zhang α = 2% et Anderson sont considérés comme des marqueurs et utilisés, ainsi que les 1217 SNPs du set (considérés individuellement) et 144 SSRs pour étudier la diversité génétique du panel Maïsadour. Trois types d’analyses sont effectuées, la structuration, l’identification d’allèles groupes-spécifiques et la construction de core-collections. La structure du panel Maïsadour identifiée avec la méthode de Zhang est la même que celle identifiée avec les SSRs. Cette méthode est également adaptée à la construction de core-collections et permet d’identifier des allèles groupes-spécifiques. La méthode de Zhang α = 2% présente de mauvais résultats en structuration, la core-collection obtenue avec cette méthode est peu pertinente. Cependant, ces marqueurs blocs permettent, dans les proportions les plus élevées, d’identifier des allèles groupes-spécifiques. Les résultats de structuration et d’identification d’allèles groupes-spécifiques obtenus avec la méthode d’Anderson sont satisfaisants, par contre la core-collection construite avec ces marqueurs blocs est peu intéressante.

Maize genetic resources of Maïsadour Semences have been studied through the haplotypes blocks concept. Blocks are groups of neighboring SNPs considered together. Different methods to gather the markers in blocks have been found in the literature. Gabriel et al. (2002) defined a block as a region which exhibits strong linkage disequilibrium. Wang et al. (2002) suggested that the markers which show no evidence of past recombination events constitute blocks. For Zhang et al. (2002) blocks are regions of limited haplotype diversity. Anderson et al. (2004) proposed to take into account simultaneously linkage disequilibrium and haplotypes diversity to group the SNPs in blocks. The haplotypes blocks, according to these four authors, were detected on the maize genome using a set of 1217 SNPs and a panel of 998 inbred lines representative of the genetic resources of Maïsadour Semences (“panel Maïsadour”). Very few blocks were identified with both Gabriel’s and Wang’s methods, the marker density is low, consequently the SNPs are not linked. Numerous blocks were detected with Zhang’s method and Anderson’s one. Zhang’s method with parameter α = 2% provides the longest blocks. The haplotypes blocks identified with the methods according to Zhang, Zhang α = 2% were considered as markers and used, as well as the 1217 SNPs of the set (considered one by one) and 144 SSRs to assess genetic diversity of the “panel Maïsadour” For this purpose, three types of analysis were implemented, inference of population structure, identification of alleles group-specific and construction of core-collections. The structure of the “panel Maïsadour” inferred with the block-markers according to Zhang is the same than the one inferred with the SSRs. This methods is also adapted for the construction of core-collections and allow identification of alleles group-specific. The structuration results obtained with the method according to Zhang α = 2% are not satisfying, the core-collection constructed with this method is not relevant. However, this method reveal alleles group-specific in the highest proportions. The structuration results and the alleles group-specific identification results obtained with Anderson’s method are quite satisfying, whereas the core-collection made with method is not very interesting.