Infodoc : Sciences, Techniques et Culture

De leur ancêtre bactérien les génomes des chloroplastes et des mitochondries des angiospermes ont gardé de nombreuses particularités (génomes circulaires, à évolution largement clonale ..). Suite à la symbiose originelle, une forte tendance à la compaction a affecté ces génomes (ainsi, par exemple, un grand nombre de gènes ont été transférés des organites vers le génome nucléaire). Les mécanismes évolutifs qui conduisent à ces changements de taille demeurent pour la plupart inconnus, notamment au niveau des séquences non codantes introniques et intergénétiques. L'étude chez les angiospermes de plusieurs fragments d'ADN non codants a donc été entreprise pour essayer d'identifier les mécanismes affectant l'évolution de la taille de ces génomes, y compris les transferts horizontaux (dans[...]

De leur ancêtre bactérien les génomes des chloroplastes et des mitochondries des angiospermes ont gardé de nombreuses particularités (génomes circulaires, à évolution largement clonale ..). Suite à la symbiose originelle, une forte tendance à la compaction a affecté ces génomes (ainsi, par exemple, un grand nombre de gènes ont été transférés des organites vers le génome nucléaire). Les mécanismes évolutifs qui conduisent à ces changements de taille demeurent pour la plupart inconnus, notamment au niveau des séquences non codantes introniques et intergénétiques. L'étude chez les angiospermes de plusieurs fragments d'ADN non codants a donc été entreprise pour essayer d'identifier les mécanismes affectant l'évolution de la taille de ces génomes, y compris les transferts horizontaux (dans le cas d'un intron de type 1 intégré dans le gène mitochondrial coxl.). Pour cela j'ai utilisé une approche PCR à l'aide d'amorces chloroplastiques et mitochondriales
conservées. Cette approche m'a permis d'obtenir plusieurs mesures indépendantes de la taille des régions génomiques non codantes (autant que de fragments amplifiés) chez 75 espèces. J'ai ainsi pu mettre en évidence quatre changements de taille significatifs pour le génome mitochondrial et sept changements significatifs pour le génome cholorplastique, et de les cartographier sur la phylogénie de ces espèces. La méthode comparative basée sur l'étude de contrastes indépendants a par ailleurs permis de tester les liens éventuels entre obésité et compaction des deux génomes cytoplasmiques entre eux et avec certains traits de vie ou certaines caractéristiques des espèces échantillonnées. L'intron du gène coxL a été retrouvé chez 89 des 679 espèces testées. La répartition de l'intron au sein de la phylogenie a permis de mettre en avant le rôle du mode de transmission des génomes des organelles mais aussi d'autres forces évolutives (migration, sélection, mutation,
dérive) sur la propagation de cet intron et sur les changements de taille des génomes cytoplasmiques.