Caractérisation d'un ADNc codant un transporteur de Pi et analyse du transcriptome racinaire de populus x interamericana lors d'une culture sur un milieu dépourvu de Pi / Marine Wasniewski (2001)

Public ISBD Titre : Caractérisation d'un ADNc codant un transporteur de Pi et analyse du transcriptome racinaire de populus x interamericana lors d'une culture sur un milieu dépourvu de Pi Type de document : texte imprimé Auteurs : Marine Wasniewski Editeur : Nancy : Université Henri Poincaré Nancy I Année de publication : 2001 Importance : 27 p. Présentation : ill., graph., tabl., réf. Note générale : DEA de Biologie Forestière Langues : Français (fre) Catégories : Thésaurus Agrovoc Gène ; Adaptation Liste Plan de classement 181 (Mode de vie. Relation des espèces végétales avec le milieu, autécologie. Tempérament des arbres forestiers) [Classement GFDC] Résumé : La gestion de la forêt nécessite une meilleure compréhension des mécanismes qui déterminent et modifient la fertilité su sol. Les essences longévives ont dû développer un ensemble de mécanismes adaptifs conduisant à une utilisation plus efficace des nutriments. Parmi ces nutriments, on trouve le phosphate, la forme de phosphore utilisée par les arbres, qui est l'un des facteurs limitant la production forestières. De nombreux changements morphologiques, biochimiques et physiologiques sont mis en place lors d'une réponse à un déficit de phosphate dans le sol. De nombreuses protéines sont impliquées dans ces processus adaptifs, en particulier les transporteurs de Pi. Cependant, il n'existe pas encore chez les plantes, une vision globale des processus cellulaires et moléculaires impliqués dans l'ajustement aux concentrations externes de Pi. Mon projet vise dans un premier temps la caractérisation de la structure et la régulation d'un gène codant un transporteur racinaire chez Populus x interamericana et dans un deuxième temps l'identification des réseaux de gènes mis en place lors de la carence via l'étude du transcriptome racinaire. L'ADNc codant un transporteur de Pi potentiel (PiPT) est constitué de 1542 nucléotides et la protéine potentielle est constituée de 453 acides aminés. De part sa forte homologie de séquence protéique et de profils d'hydropathie avec des transporteurs dePi à haute affinité connus (StPTI, LaPT2...), cet ADNc partage donc les caractéristiques d'un transporteur de Pi à haute affinité. L'hybridation ARN/ADN avec la sonde PiPT révèle deux transcrits de, respectivement, 3,1kb et 2kb. Une induction de l'expression de PiPT a lieu après 12 heures de culture sur un milieu dépourvu de Pi. L'étude du transcriptome racinaire lors d'une culture sur un milieu appauvri en Pi montre que près de 20% des transcrits sont régulés contrairement aux gènes liés au régulon phosphate. Ces résultats permettent d'avoir une vision des premières modifications liées à la diminution de la teneur en Pi dans les racines. Ces données laissent présager qu'une culture plus longue sur un milieu dépouvu de Pi induirait des processus d'adaptations à la carence en Pi. Type de document : Livre Permalien de la notice : https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=151143 Caractérisation d'un ADNc codant un transporteur de Pi et analyse du transcriptome racinaire de populus x interamericana lors d'une culture sur un milieu dépourvu de Pi [texte imprimé] / Marine Wasniewski . - Nancy (FR) : Université Henri Poincaré Nancy I, 2001 . - 27 p. : ill., graph., tabl., réf. DEA de Biologie Forestière Langues : Français (fre) Catégories : Thésaurus Agrovoc Gène ; Adaptation Liste Plan de classement 181 (Mode de vie. Relation des espèces végétales avec le milieu, autécologie. Tempérament des arbres forestiers) [Classement GFDC] Résumé : La gestion de la forêt nécessite une meilleure compréhension des mécanismes qui déterminent et modifient la fertilité su sol. Les essences longévives ont dû développer un ensemble de mécanismes adaptifs conduisant à une utilisation plus efficace des nutriments. Parmi ces nutriments, on trouve le phosphate, la forme de phosphore utilisée par les arbres, qui est l'un des facteurs limitant la production forestières. De nombreux changements morphologiques, biochimiques et physiologiques sont mis en place lors d'une réponse à un déficit de phosphate dans le sol. De nombreuses protéines sont impliquées dans ces processus adaptifs, en particulier les transporteurs de Pi. Cependant, il n'existe pas encore chez les plantes, une vision globale des processus cellulaires et moléculaires impliqués dans l'ajustement aux concentrations externes de Pi. Mon projet vise dans un premier temps la caractérisation de la structure et la régulation d'un gène codant un transporteur racinaire chez Populus x interamericana et dans un deuxième temps l'identification des réseaux de gènes mis en place lors de la carence via l'étude du transcriptome racinaire. L'ADNc codant un transporteur de Pi potentiel (PiPT) est constitué de 1542 nucléotides et la protéine potentielle est constituée de 453 acides aminés. De part sa forte homologie de séquence protéique et de profils d'hydropathie avec des transporteurs dePi à haute affinité connus (StPTI, LaPT2...), cet ADNc partage donc les caractéristiques d'un transporteur de Pi à haute affinité. L'hybridation ARN/ADN avec la sonde PiPT révèle deux transcrits de, respectivement, 3,1kb et 2kb. Une induction de l'expression de PiPT a lieu après 12 heures de culture sur un milieu dépourvu de Pi. L'étude du transcriptome racinaire lors d'une culture sur un milieu appauvri en Pi montre que près de 20% des transcrits sont régulés contrairement aux gènes liés au régulon phosphate. Ces résultats permettent d'avoir une vision des premières modifications liées à la diminution de la teneur en Pi dans les racines. Ces données laissent présager qu'une culture plus longue sur un milieu dépouvu de Pi induirait des processus d'adaptations à la carence en Pi. Type de document : Livre Permalien de la notice : https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=151143

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Kourou	1 - Facteur du milieu - Biologie	AgroParisTech-Kourou	181.WAS.2001	Papier	33004000968423	Empruntable

Contribution à l'étude des mécanismes physiologiques et moléculaires mis en jeu par le champignon ectomycorhizien Paxillus involutus (Batsch) Fr. et les mycorhizes lors de l'acquisition de l'ammonium / Mélanie Morel (2001)

Public ISBD Titre : Contribution à l'étude des mécanismes physiologiques et moléculaires mis en jeu par le champignon ectomycorhizien Paxillus involutus (Batsch) Fr. et les mycorhizes lors de l'acquisition de l'ammonium Type de document : texte imprimé Auteurs : Mélanie Morel Editeur : Nancy : Université Henri Poincaré Nancy I Année de publication : 2001 Importance : 21 p. Présentation : ill., graph., tabl., réf., annexe. Note générale : DEA de Biologie Forestière Langues : Français (fre) Catégories : Thésaurus Agrovoc Génétique ; Gène ; Betula pendula ; Ectomycorhize ; Symbiose ; Ammonium ; Azote Liste Plan de classement 181 (Mode de vie. Relation des espèces végétales avec le milieu, autécologie. Tempérament des arbres forestiers) [Classement GFDC] Résumé : La symbiose ectomycorhizienne est un élément clé du fonctionnement des arbres forestiers, quant à la nutrition azotée. En effet, le champignon partenaire, puise, via ses hyphes extramatricielles, des composés azotés, à la fois pour sa propre croissance et pour l'alimentation de la plante hôte. Il se situe alors à l'interface entre le sol et les racines des arbres auxquels il est associé, et joue donc un rôle important dans l'absorption et l'assimilation de l'azote. Les concentrations changeantes d'azote du sol et plus particulièrement de l'ammonium, obligent le champignon à ajuster ses processus d'acquisition de l'ammonium selon les quantités disponibles dans le milieu. Pour essayer de mettre en évidence, les réponses du champignon et des mycorhizes face à ces stress trophiques, nous avons aborder une étude biochimique, basée sur des analyses, par GC-MS, des polls d'acides aminés intracellulaires associées à des espériences de marquage isotopique, pour différentes conditions ammoniacales. Ces expériences confirme le rôle transitoire du glutamate pour la synthèse d'autres acides aminés, via, une participation active des transaminases et le rôle central joué par la glutamine, constituant probablement un pool de stockage. Une analyse moléculaire par les techniques de Northern et de filtres à ADN, a permis de corréler ces aspects biochimiques avec une étude de l'expression des gènes de P. involutus en culture pure, et révèle une stimulation de l'expression de gènes impliqués dans les processus d'absorption (transporteur d'ammonium : PiG43) et dans une moindre mesure d'assimilation (glutamine synthétase, Aspartate aminotransférase), lors d'une carence en ammonium. de plus, une étude comparative du mycélium extramatriciel et du mycelium constitutif de l'organe symbiotique a révélé une expression différentielle de plus de 40% des gènes analysés en fonction de l'un ou l'autre des tissus. Parmi eux, certains gènes liés à l'absorption de l'ammonium (PiG43, PiAmt1) et son assimilation priamire (PiGS) sont préférentiellement exprimpés dans le mycélium extramatriciel, confirmant son rôle important dans le fonctionnement de la symbiose quand à l'acquisition efficace de l'azote apr la plante, via les mycorhizes. Type de document : Livre Permalien de la notice : https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=151144 Contribution à l'étude des mécanismes physiologiques et moléculaires mis en jeu par le champignon ectomycorhizien Paxillus involutus (Batsch) Fr. et les mycorhizes lors de l'acquisition de l'ammonium [texte imprimé] / Mélanie Morel . - Nancy (FR) : Université Henri Poincaré Nancy I, 2001 . - 21 p. : ill., graph., tabl., réf., annexe. DEA de Biologie Forestière Langues : Français (fre) Catégories : Thésaurus Agrovoc Génétique ; Gène ; Betula pendula ; Ectomycorhize ; Symbiose ; Ammonium ; Azote Liste Plan de classement 181 (Mode de vie. Relation des espèces végétales avec le milieu, autécologie. Tempérament des arbres forestiers) [Classement GFDC] Résumé : La symbiose ectomycorhizienne est un élément clé du fonctionnement des arbres forestiers, quant à la nutrition azotée. En effet, le champignon partenaire, puise, via ses hyphes extramatricielles, des composés azotés, à la fois pour sa propre croissance et pour l'alimentation de la plante hôte. Il se situe alors à l'interface entre le sol et les racines des arbres auxquels il est associé, et joue donc un rôle important dans l'absorption et l'assimilation de l'azote. Les concentrations changeantes d'azote du sol et plus particulièrement de l'ammonium, obligent le champignon à ajuster ses processus d'acquisition de l'ammonium selon les quantités disponibles dans le milieu. Pour essayer de mettre en évidence, les réponses du champignon et des mycorhizes face à ces stress trophiques, nous avons aborder une étude biochimique, basée sur des analyses, par GC-MS, des polls d'acides aminés intracellulaires associées à des espériences de marquage isotopique, pour différentes conditions ammoniacales. Ces expériences confirme le rôle transitoire du glutamate pour la synthèse d'autres acides aminés, via, une participation active des transaminases et le rôle central joué par la glutamine, constituant probablement un pool de stockage. Une analyse moléculaire par les techniques de Northern et de filtres à ADN, a permis de corréler ces aspects biochimiques avec une étude de l'expression des gènes de P. involutus en culture pure, et révèle une stimulation de l'expression de gènes impliqués dans les processus d'absorption (transporteur d'ammonium : PiG43) et dans une moindre mesure d'assimilation (glutamine synthétase, Aspartate aminotransférase), lors d'une carence en ammonium. de plus, une étude comparative du mycélium extramatriciel et du mycelium constitutif de l'organe symbiotique a révélé une expression différentielle de plus de 40% des gènes analysés en fonction de l'un ou l'autre des tissus. Parmi eux, certains gènes liés à l'absorption de l'ammonium (PiG43, PiAmt1) et son assimilation priamire (PiGS) sont préférentiellement exprimpés dans le mycélium extramatriciel, confirmant son rôle important dans le fonctionnement de la symbiose quand à l'acquisition efficace de l'azote apr la plante, via les mycorhizes. Type de document : Livre Permalien de la notice : https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=151144

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Kourou	1 - Facteur du milieu - Biologie	AgroParisTech-Kourou	181.MOR.2001	Papier	33004000968431	Empruntable

Etude de la diversité génétique de la truffe noire au Périgord (Tuber melanosporum Vitt.) / C. Murat (2001)

Public ISBD Titre : Etude de la diversité génétique de la truffe noire au Périgord (Tuber melanosporum Vitt.) Type de document : texte imprimé Auteurs : C. Murat Editeur : Nancy : Université Henri Poincaré Nancy I Année de publication : 2001 Importance : 19 p. Présentation : ill., tabl. réf., annexes Note générale : DEA de Biologie Forestière Langues : Français (fre) Catégories : Thésaurus Agrovoc Tuber melanosporum ; RAPD Liste Plan de classement I204 (Génétique) [Classement Kourou] Résumé : Les truffes sontr des ascomycètes formant des symbioses ectomycorhiziennes. Ces champignons, qui présentent un fort intérêt économique, ont fait l'objet de nombreuses études d'identification taxonomiques mais aussi de diversité génétique. Certaines espèces présentent une forte diversité (T. uncinatum, T. aestivum, ...), alors que d'autres n'ont qu'un faible polymorphisme (T. magnatum, T. melanosporum, ...). Certains auteurs, après l'étude des régions inter-microsatellitaires, ont même considéré la Truffe noire du Périgord comme une espèce clonale qui ne présente pas de structure géographique de la diversité. Afin de vérifier ces hypothèses, nous avons élargi l'échantillonnage des ascocarpes étudiés aux régions de l'est et de l'ouest de la France. Nous avons aussi introduit de nouveaux marqueurs RAPD, ainsi que de nouvelles approches moléculaires (SCARs, SNPs). La première partie du travail a été d'étudier la diversité de T. melanosporum à l'aide de quatre amorces RAPD. L'étude des profils phénotypiques RAPD nous a permis d'identifier deux groupes d'solats : le premier comprend des profils fortement similaires et l'autre est composé de profils beaucoup plus polymorphes. le calcul de l'indice de Shannon montre que les isolats de Bourgogne sont ceux dont les profils RAPD sont les plus polymorphes. Comme la diversité intra- et inter-région est similaire, il n'a pas été possible d'associer un profil RAPD à une région de récolte. Nos travaux confirment donc l'absence de structure géographique de la diversité. En revanche, le fort polymorphisme trouvé entre certains profils va à l'encontre de la clonalité de lTruffe noire du Périgord. Cependant, nous avons des doutes quant à l'origine génomique des bandes surnuméraires amplifiées dans les profils les plus polymorphes. En effet, bien que seulement 3 SCARs sur 26 présentent une forte similarité avec des séquences bactériennes, il s'agit de 3 SCARs issus de bandes polymorphes. Les artéfacts liés à l'amplification RAPD nous ont poussé à étudier la diversité génétique de T. melanosporum à l'aide de marqueurs spécifiques co-dominants. Pour cela, nous avons amplifiés, séquencé et comparé des séquences génmiques de T. melanosporum correspondant à des fragments d' ADN monomorphes. La comparaison de plusieurs séquences SCARs, correspondent à des bandes RAPD non polymorphes, sur une quarantaine d'ascocarpes, n'a donné différence de séquences nucléotiques (SNPs). Cette absence de variabilité devra être vérifié sur un échantillonnage plus large et avec d'autres SCARs. En revanche, après la comparaison de douze séquences de l' ITS ribosomique nucléaire, il a été,mis en évidence six haplotypes et cinq SNPs. L' ITS est donc un bon candidat pour étudier la diversité génétique de T. melanosporum. Type de document : Livre Permalien de la notice : https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=151142 Etude de la diversité génétique de la truffe noire au Périgord (Tuber melanosporum Vitt.) [texte imprimé] / C. Murat . - Nancy (FR) : Université Henri Poincaré Nancy I, 2001 . - 19 p. : ill., tabl. réf., annexes. DEA de Biologie Forestière Langues : Français (fre) Catégories : Thésaurus Agrovoc Tuber melanosporum ; RAPD Liste Plan de classement I204 (Génétique) [Classement Kourou] Résumé : Les truffes sontr des ascomycètes formant des symbioses ectomycorhiziennes. Ces champignons, qui présentent un fort intérêt économique, ont fait l'objet de nombreuses études d'identification taxonomiques mais aussi de diversité génétique. Certaines espèces présentent une forte diversité (T. uncinatum, T. aestivum, ...), alors que d'autres n'ont qu'un faible polymorphisme (T. magnatum, T. melanosporum, ...). Certains auteurs, après l'étude des régions inter-microsatellitaires, ont même considéré la Truffe noire du Périgord comme une espèce clonale qui ne présente pas de structure géographique de la diversité. Afin de vérifier ces hypothèses, nous avons élargi l'échantillonnage des ascocarpes étudiés aux régions de l'est et de l'ouest de la France. Nous avons aussi introduit de nouveaux marqueurs RAPD, ainsi que de nouvelles approches moléculaires (SCARs, SNPs). La première partie du travail a été d'étudier la diversité de T. melanosporum à l'aide de quatre amorces RAPD. L'étude des profils phénotypiques RAPD nous a permis d'identifier deux groupes d'solats : le premier comprend des profils fortement similaires et l'autre est composé de profils beaucoup plus polymorphes. le calcul de l'indice de Shannon montre que les isolats de Bourgogne sont ceux dont les profils RAPD sont les plus polymorphes. Comme la diversité intra- et inter-région est similaire, il n'a pas été possible d'associer un profil RAPD à une région de récolte. Nos travaux confirment donc l'absence de structure géographique de la diversité. En revanche, le fort polymorphisme trouvé entre certains profils va à l'encontre de la clonalité de lTruffe noire du Périgord. Cependant, nous avons des doutes quant à l'origine génomique des bandes surnuméraires amplifiées dans les profils les plus polymorphes. En effet, bien que seulement 3 SCARs sur 26 présentent une forte similarité avec des séquences bactériennes, il s'agit de 3 SCARs issus de bandes polymorphes. Les artéfacts liés à l'amplification RAPD nous ont poussé à étudier la diversité génétique de T. melanosporum à l'aide de marqueurs spécifiques co-dominants. Pour cela, nous avons amplifiés, séquencé et comparé des séquences génmiques de T. melanosporum correspondant à des fragments d' ADN monomorphes. La comparaison de plusieurs séquences SCARs, correspondent à des bandes RAPD non polymorphes, sur une quarantaine d'ascocarpes, n'a donné différence de séquences nucléotiques (SNPs). Cette absence de variabilité devra être vérifié sur un échantillonnage plus large et avec d'autres SCARs. En revanche, après la comparaison de douze séquences de l' ITS ribosomique nucléaire, il a été,mis en évidence six haplotypes et cinq SNPs. L' ITS est donc un bon candidat pour étudier la diversité génétique de T. melanosporum. Type de document : Livre Permalien de la notice : https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=151142

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Localisation	Emplacement	Section	Cote	Support	Code-barres	Disponibilité
Kourou	SCIENCES DE LA VIE	AgroParisTech-Kourou	I204.MUR.2001	Papier	33004000965791	Empruntable

Etude du polymorphisme de l'ADN chloroplastique de deux espèces tropicales : Monorobea coccinea L. et Symphonia globulifera L. / Christophe Boutte (1999)

Public ISBD Titre : Etude du polymorphisme de l'ADN chloroplastique de deux espèces tropicales : Monorobea coccinea L. et Symphonia globulifera L. Type de document : texte imprimé Auteurs : Christophe Boutte, Auteur Editeur : Nancy : Université Henri Poincaré Nancy I Année de publication : 1999 Importance : 20 p. Présentation : ill., graph., tabl., ref., Annexes. Note générale : DEA (Biologie forestière - 1999) Langues : Français (fre) Catégories : Thésaurus Agrovoc Génétique ; Arbre forestier ; Forêt tropicale humide ; ADN ; Méthode ; Polymorphisme ; Amazonie ; Guyane française ; Matériel Liste Plan de classement 165 (Phylogénie, évolution. Hérédité, génétique, sélection et amélioration, variations) [Classement GFDC] Type de document : Livre Permalien de la notice : https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=150976 Etude du polymorphisme de l'ADN chloroplastique de deux espèces tropicales : Monorobea coccinea L. et Symphonia globulifera L. [texte imprimé] / Christophe Boutte, Auteur . - Nancy (FR) : Université Henri Poincaré Nancy I, 1999 . - 20 p. : ill., graph., tabl., ref., Annexes. DEA (Biologie forestière - 1999) Langues : Français (fre) Catégories : Thésaurus Agrovoc Génétique ; Arbre forestier ; Forêt tropicale humide ; ADN ; Méthode ; Polymorphisme ; Amazonie ; Guyane française ; Matériel Liste Plan de classement 165 (Phylogénie, évolution. Hérédité, génétique, sélection et amélioration, variations) [Classement GFDC] Type de document : Livre Permalien de la notice : https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=150976

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Localisation	Emplacement	Section	Cote	Support	Code-barres	Disponibilité
Kourou	1 - Facteur du milieu - Biologie	AgroParisTech-Kourou	165.BOU.1999	Papier	33004000961758	Empruntable
Kourou	1 - Facteur du milieu - Biologie	AgroParisTech-Kourou	165.BOU.1999	Papier	33004000961766	Empruntable
Kourou	1 - Facteur du milieu - Biologie	AgroParisTech-Kourou	165.BOU.1999	Papier	33004000961774	Empruntable