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Face à la perte de biodiversité que nous connaissons actuellement, comprendre les processus responsables de la mise en place et du maintien de la biodiversité est une étape clé dans la prise de mesures de conservation. L'acquisition de jeux de données suffisant dans le temps et l'espace constitue une des principales limites à la compréhension de ces mécanismes. Avec l'avancée des techniques de séquençages actuelles, la génomique environnementale et plus particulièrement les approches d'ADN environnemental apparaissent comme une alternative aux suivis de biodiversité classiques. Pouvoir juger de la biodiversité présuppose que nous puissions assigner des fragments d'ADN issus de l'environnement à un niveau taxonomique donné. Historiquement, cette assignation passait par le biais d'analy[...]

Face à la perte de biodiversité que nous connaissons actuellement, comprendre les processus responsables de la mise en place et du maintien de la biodiversité est une étape clé dans la prise de mesures de conservation. L'acquisition de jeux de données suffisant dans le temps et l'espace constitue une des principales limites à la compréhension de ces mécanismes. Avec l'avancée des techniques de séquençages actuelles, la génomique environnementale et plus particulièrement les approches d'ADN environnemental apparaissent comme une alternative aux suivis de biodiversité classiques. Pouvoir juger de la biodiversité présuppose que nous puissions assigner des fragments d'ADN issus de l'environnement à un niveau taxonomique donné. Historiquement, cette assignation passait par le biais d'analyses de similarité entre les séquences à assigner et des séquences composant une base de référence. Cette méthode largement utilisée montre des limites lorsque qu'aucune séquence n'est assez proche dans la base de référence. Récemment des méthodes de placement phylogénétique ont été mises au point pour palier à ce manque. Dans ce projet de recherche, nous avons estimé la faisabilité de cette méthode dans un cas concret des Hexapodes en comparant deux fragments metabarcoding du gène mitochondrial 16S à un placement phylogénétique d'un fragment du COI.

Due to the current threats on biodiversity, understanding the processes behind the long-lasting protection of biodiversity is a crucial step for conservation purposes. Acquiring enough spatial and temporal data is a major limitation in accomplishing these purposes.With the development of current sequencing techniques, environmental genomics, andmore specifically environmental DNA, seem to constitute an alternative for more classicalsampling methods. Defining biodiversity requires the ability to assign environmental DNAfragments to a given taxonomic level. Historically, similarity analyses were performed bycomparing sequences to assign to reference ones. This method, highly applied in the literature, shows limitations when sequences are too far from the reference one. More recently, methods of phylogenetic placements have been developed in order to counteract these limitations. During this current research project, we have applied this method on a concrete case (Hexapoda) by comparing two metabarcoding fragments of mitochondrial gene 16S to a phylogenetic placement of a COI fragment.