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Titre : |
Sélection génomique multivariée chez la vigne
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Auteur(s) : |
Charlotte Brault, Auteur
Gwendal Restoux, Tuteur Agnès Doligez, Responsable de stage |
Type de document : | Mémoire |
Filière : | Ing. DA : PISTv -- Produire et innover dans les systèmes techniques végétaux |
Sujets : | Vigne -- Génétique -- Thèses et écrits académiques ; Locus quantitatif -- Thèses et écrits académiques ; Vigne -- Variétés -- Recherche |
Résumé : |
La création variétale chez la vigne nécessite d’être accélérée grâce aux nouveaux outils génomiques. Pour tenter d’améliorer autant la détection de QTL que la prédiction génomique, il est pertinent de travailler en multivarié, c’est-à-dire en étudiant plusieurs réponses conjointement. Nous avons voulu comparer les résultats des modèles de sélection de variables comme les différentes méthodes de LASSO et la régression multivariée structurée par rapport à la détection de QTL par cartographie d’intervalles avec trois modélisations statistiques en univarié et multivarié. Pour cela, j’ai utilisé les données et résultats de Coupel-Ledru et al. (2014) sur la descendance Syrah x Grenache où des caractères liés à l’efficience d’utilisation de l’eau ont été mesurés en condition semi-contrôlée s[...]
La création variétale chez la vigne nécessite d’être accélérée grâce aux nouveaux outils génomiques. Pour tenter d’améliorer autant la détection de QTL que la prédiction génomique, il est pertinent de travailler en multivarié, c’est-à-dire en étudiant plusieurs réponses conjointement. Nous avons voulu comparer les résultats des modèles de sélection de variables comme les différentes méthodes de LASSO et la régression multivariée structurée par rapport à la détection de QTL par cartographie d’intervalles avec trois modélisations statistiques en univarié et multivarié. Pour cela, j’ai utilisé les données et résultats de Coupel-Ledru et al. (2014) sur la descendance Syrah x Grenache où des caractères liés à l’efficience d’utilisation de l’eau ont été mesurés en condition semi-contrôlée sous deux niveaux hydriques et pour deux années. J’ai reproduit le plus fidèlement possible la détection de QTL telle que publiée et je l’ai comparé à différentes méthodes en univarié et multivarié. Nous avons pu distinguer certaines caractéristiques liées aux méthodes et formuler des hypothèses quant à leur performance mais il n’est pas possible de conclure sur la supériorité d’une modélisation statistique ou d’une méthode par rapport aux autres. C’est pourquoi j’ai utilisé des réponses simulées pour lesquelles les prédicteurs qui ont un effet non nul sont connus. Ainsi j’ai pu quantifier la performance des différentes méthodes en terme de sélection du bon marqueur, pour plusieurs paramètres de simulation. Une autre façon de comparer ces méthodes sera de mesurer leur précision de prédiction.
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Editeur(s) : | Paris [France] : AgroParisTech |
Date de publication : | 2018 |
Format : | 1 vol. (48 p.) |
Note(s) : |
Diplôme d'ingénieur AgroParisTech, Mémoire de fin d’études, Dominante d’approfondissement : PISTv Produire et Innover dans les Systèmes Techniques végétaux), 2018 |
Langue(s) : | Français |
Lien vers la notice : | https://infodoc.agroparistech.fr/index.php?lvl=notice_display&id=195530 |
Exemplaires (1)
Localisation | Emplacement | Pôle | Section | Cote | Support | Disponibilité |
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Palaiseau | sans section | MEM-3A-2018-BRAU-E | En ligne | Diffusable Exclu du prêt |
Documents numériques (1)
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